Whole exome Diagnostik

Mit der whole exome Diagnostik wird das gesamte Exom in einem Ansatz mittels Next Generation Sequencing (NGS) untersucht. Für Krankheitsbilder, die durch eine Vielzahl von unterschiedlichen Genen verursacht sein können, ist damit eine schnelle und auch kosteneffiziente Diagnostik möglich.

Eine whole exome Diagnostik kommt bei verschiedenen Indikationen in Betracht, insbesondere dann, wenn die Erkrankung durch genetische Varianten in verschiedenen Genen bedingt sein kann, wie z.B. bei schweren Entwicklungsstörungen und seltenen Erkrankungen. So treten bei vielen syndromalen Erkrankungen Symptome verschiedener Erkrankungsgruppen gleichzeitig auf. Eine Eingrenzung der in Frage kommenden Gene, die defekt sein können, ist dann nicht ohne weiteres möglich und die Diagnostik einzelner Gene häufig nicht zielführend. Zur genetischen Abklärung ist dann die Sequenzierung des gesamten Exoms indiziert, die häufig auch als Trio-Diagnostik durchgeführt wird.

Die whole exome Diagnostik umfasst die Anreicherung und Sequenzierung praktisch aller relevanten proteincodierenden Bereiche (ca. 20 000 Gene). Bei der Trio-Diagnostik werden neben dem Patienten auch die Eltern in die Analyse einbezogen. Die Familienuntersuchung erlaubt es nach möglichen Varianten zu filtern und zielgerichtet auszuwerten. Dies führt zu höheren Aufklärungsraten, da dadurch eine bessere Identifizierung und Interpretation von bisher klinisch mit der Erkrankung nicht assoziierten Genen und Varianten möglich ist. Darüber hinaus wird durch dieses Vorgehen die Entdeckung von neu entstandenen und ursächlichen Mutationen deutlich verbessert. Durch die Erstellung von Genlisten anhand von klinischen Symptomen (HPO, human phenotype ontology) kann die Anzahl der in Frage kommenden Gene bei der Auswertung symptombasiert eingegrenzt werden.

Eine whole exome Diagnostik kommt auch für pränatale Untersuchungen in Betracht, wenn in der Ultraschalluntersuchung schwere Fehlbildungen wie z.B. Herzfehler, Skelettdysplasien oder Hirnfehlbildungen festgestellt werden oder der Hinweis auf ein komplexes Syndrom vorliegt.

Nach einer erfolgten Diagnostik besteht zudem die Möglichkeit den einmal erstellten Datensatz zu einem späteren Zeitpunkt erneut auszuwerten. Dies kann in Frage kommen, wenn auf Basis neuer wissenschaftlicher Erkenntnisse weitere Kandidatengene als ursächlich für die ursprüngliche Indikation bekannt werden oder auch wenn aufgrund weiterer klinischer Symptome die Indikation differentialdiagnostisch erweitert wird.

Vor der Durchführung einer whole exome Diagnostik muss immer eine Genetische Beratung nach GenDG erfolgen. Die Durchführung der Diagnostik dauert in der Regel 6 bis 10 Wochen.